|
| |
|
|
Studium vlastností membránového napěťového senzoru ASAP1 exprimovaného v buněčné linii HEK 293
Sanetrníková, Dominika ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Svoboda, Ondřej (vedoucí práce)
Tato práce se v úvodu věnuje seznámení s plasmidovou DNA, která se v podobě vektoru využívá v molekulární biologii. Ve formě fluorescenčních sond lze plasmidy využít pro měření změn membránového potenciálu. Do jejich struktury se přidává barvivo fluorofor. Důležitým zástupcem této práce je fluorescenční sonda ASAP1, která obsahuje zelený fluorescenční protein, jehož reakcí na změnu membránového potenciálu je pokles intenzity emitovaného světla. Cílem práce bylo provést chemickou transfekci tohoto plasmidu do buněčné linie HEK293 a provést jeho charakterizaci. V práci je rovněž navržena metoda pro analýzu časového průběhu změn fluorescence v závislosti na depolarizaci buněčné membrány. V závěru práce je popsán uskutečněný experiment včetně diskuze získaných výsledků.
|
|
|
Monitorování úspěšnosti transfekce buněčné linie 293 HEK
Dvořák, Tomáš ; Španová, Alena (oponent) ; Ševčík, Mojmír (vedoucí práce)
Diplomová práce je založena na monitorování úspěšnosti transfekce buněčné linie 293HEK. V teoretické části je popsán princip transfekčních metod, buněčné linie, vektory a reportérové geny. V praktické části byly použity buňky HEK293 EBNA1. Byl zkoumán rozdíl mezi plasmidy GFP a EGFP. Dále byly použity různé transfekční regenty za různých kultivačních podmínek.
|
|
|
Vizualizace značených buněk modelového organismu
Kubíček, Radek ; Kršek, Přemysl (oponent) ; Herout, Adam (vedoucí práce)
Tato diplomová práce, zabývající se zobrazením volumetrických (objemových) dat, má za úkol zobrazit a zvýraznit značené buňky modelových organismů v datech sejmutých konfokálním mikroskopem. Vstupní data tvoří jednolitý volumetrický celek složený z jednotlivých řezů, který je nutno vhodnou metodou zobrazit a poté identifikovat a zvýraznit buňky označené metodou GFP (Green Fluorescent Protein) nebo fluoreskováním chlorofylu. Hlavním cílem této práce je nalézt pokud možno optimální efektivní metodu umožňující toto zvýraznění, pracující ideálně bez manuálního zásahu uživatele. Vzhledem ke struktuře dat je však tento cíl jen těžko splnitelný, proto postačí nalezení metody operující v manuálním režimu. Nakonec je třeba dosažené výsledky práce zaintegrovat do nástroje FluorCam pro zobrazování dat z dekonvolučního konfokálního mikroskopu.
|
|
|
Příprava organelových markerů v kvasinkách Saccharomyces cerevisiae
Dekha, Daniella ; Vopálenská, Irena (vedoucí práce) ; Papoušková, Klára (oponent)
Cílem práce bylo připravit sadu kmenů s fluorescenčně značenými organelami. Použitým organismem je haploidní kmen s vysokou frekvencí homologní rekombinace Saccharomyces cerevisiae BY4742. Kvasinka S. cerevisiae je jednobuněčný organizmus a patří mezi nejstudovanější experimentální živé systémy. Její generační doba bývá 1,5-2 hodiny, což umožňuje rychle sledovat vývin kultury jak na pevném, tak i v tekutém médiu. Pro každou organelu byly vybrány specifické proteiny, a to proteiny lokalizované na membráně vakuol (Vph1, Vtc3), peroxisomů (Pex3), jádra (Nvj1), endoplazmatického retikula (Sec63), mitochondrií (Cox4) a v lumen vakuol (Prc1). Vybrané proteiny byly označené připojením fluorescenčních proteinů (yEGFP, yomCherry nebo yomRuby2) k jejich C-koncům. Připravené kmeny byly analyzované v tekutých a na pevných médiích. Byly sestrojené růstové křivky, porovnána fluorescence v různých fázích růstu a zjištěn vliv dvou různých zdrojů uhlíku na expresi vybraných genů. Celkem bylo připraveno a otestováno 12 kmenů s fluorescenčními organelovými markery pro membránu vakuol, peroxisomů, jádra, endoplazmatického retikula, mitochondrií a vakuolární lumen a dále 5 kmenů s dvojicí fluorescenčních markerů pro vakuolární membránu a vybranou další organelu (membránu peroxisomů, jádra, endoplazmatického retikula,...
|
|
|
Studium jaderných transportních signálů v proteinech komplexu Arp2/3
Němcová, Barbora ; Bellinvia, Erica (vedoucí práce) ; Cvrčková, Fatima (oponent)
Vnitrobuněčný pohyb makromolekul, jako jsou proteiny a RNA, je zásadní pro udržování buněčné homeostázy a koordinaci různých buněčných procesů. V eukaryotních buňkách je transport těchto molekul mezi cytoplazmou a jádrem pečlivě regulován. Jaderné transportní signály (NTS) sehrávají klíčovou roli při usnadňování importu a exportu proteinů přes jadernou obálku. Komplex ARP2/3, který je důležitým regulátorem dynamiky aktinu, byl především studován pro své funkce v cytoplazmě, jako je pohyb buněk a buněčné dělení. Nicméně nové poznatky naznačují, že komplex ARP2/3 by mohl mít také jaderné funkce v rostlinách. Rostliny jsou unikátní mnohobuněčné organismy, které se spoléhají na přesně koordinované buněčné aktivity pro růst, vývoj a reakce na environmentální podněty. Porozumění molekulárním mechanismům, které stojí za jadernými procesy v rostlinách, se stalo v poslední době předmětem výzkumu. Komplex ARP2/3, který se skládá ze sedmi podjednotek, je známý pro svou schopnost větvit aktinové filamenty a tím řídit buněčné procesy vyžadující remodelaci aktinu. Nicméně nedávné studie odhalily potenciální spojení mezi komplexem ARP2/3 a jadernými funkcemi v rostlinách. U několika proteinů spojených s komplexem ARP2/3 bylo zjištěno, že se lokalizují uvnitř rostlinného jádra, což vyvolává zajímavé otázky ohledně...
|
|
|
Charakteristiky a úroveň exprese transgenů v rostlinných transformantech modifikovaných jedním konstruktem s genem pro inhibitor proteáz
BEZUNK, František
Rostliny tabáku byly transformovány bakteriemi Agrobacterium tumefaciens s plazmidovým konstruktem nesoucím fúzní gen SPI2:GFP a selektovatelný znak rezistence rostlin ke kanamycinu (NPTII). Gen SPI2:GFP byl vytvořený fúzí genů SPI2 (kódujícího inhibitor proteáz serinového typu) a GFP (pro zeleně fluoreskující protein {--} {\clqq}green fluorescent protein``). Selekce transgenních tabáků byla provedena na médiu s kanamycinem. U vyselektovaných jedinců byly stanoveny a statisticky vyhodnoceny štěpné poměry. Přítomnost a funkčnost transgenní DNA byla ověřena metodami PCR, RT-PCR, Western blot a studiem exprese reportérového genu GFP na základě fluorescence v rostlinách transformantů T0 a T1 generace pomocí stereomikroskopu se speciálním nástavcem pro GFP. Byla zjištěna nízká úroveň exprese reportérového genu GFP, která byla pravděpodobně způsobena, při tvorbě fúzního genu, odstraněním části sekvence zodpovědné za transport transgenního proteinu do endoplazmatického retikula. Jako výstup této diplomové práce prováděné v rámci projektu Výzkumných center MŠMT 1 M06030 byly získány transgenní genotypy Nicotiana tabacum, cv. Petit Havana, SR1 WT, u nichž byla prokázána exprese transgenní DNA na úrovni syntézy mRNA a fluorescence produktu reportérového genu GFP.
|
|
|
Sexuální reprodukce u řádu Trypanosomatida
Kvapilová, Kateřina ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
3 Abstrakt Rody Leishmania a Trypanosoma jsou původci vážných lidských onemocnění: leishmaniózy a trypanosomózy. Dlouhá léta nebyly u těchto parazitů nalezeny přesvědčivé důkazy o genetické výměně, a proto byly rody Trypanosoma a Leishmania považovány za klonálně se rozmnožující, a to binárním štěpením jako většina prvoků. Výzkum ztěžovaly i skutečnosti, že pohlavní dimorfismus není patrný a chromosomy nekondenzují, tudíž nejsou viditelné. Nicméně klonální model začaly zpochybňovat pozorování přirozeně se vyskytujících hybridních druhů. Nejdříve byla existence sexu popsána u trypanosom a to prvním přímým důkazem hybridů T. brucei, získaných po společném přenosu rodičů mouchou tsetse. U leishmanii byl důkaz poskytnut na základě dvojitě rezistentních hybridů a sexuální výměna podstupovala stejný meiotický proces jako T. brucei. Byli pozorovaní přirozeně se vyskytující hybridi Nového i Starého světa jak u rodu Viannia, tak i u rodu Leishmania. Otázkou dalších výzkumů bylo, jaký je mechanismus genetické výměny, ale odpověď dodnes není jasná. Klíčová slova: genetická výměna, Trypanosoma, Leishmania, klonalita, meióza, GFP, přenašeč Abstract Genera Leishmania and Trypanosoma are agents of serious human diseases: leishmaniasis and trypanosomózy. For many years these parasites were considered clone-replicating by...
|
|
|
Formování blastému při procesu regenerace končetiny u obojživelníků
Paušlyová, Lucia ; Tlapáková, Tereza (vedoucí práce) ; Paňková, Daniela (oponent)
Úplná regenerace končetiny je doménou některých obojživelníků. Ocasatí obojživelníci mají schopnost regenerace amputovaných končetin po celý život. I bezocasí obojživelníci ovládají úplnou schopnost regenerace končetin po amputaci, ale pouze v larválním stádiu. Klíčovým dějem při regeneraci končetin je formování masy nediferencovaných buněk nazývaných blastém. Na tvorbě blastému se podílí mnoho buněčných typů, přičemž stěžejní roli hrají svalová tkáň a dermální fibroblasty. Dalším z klíčových faktorů pro vznik a růst blastému jsou nervy v místě poranění a jimi produkované neurotrofní faktory. Za posledních 20 let byl učiněn značný pokrok v používání různých specifických genů, díky nimž je možné sledovat osud buněk blastému.
|
|
|
Dynamika a mechanismus umlčování reportérového genu pro GFP v závislosti na aktivitě RDR6 a způsobu indukce RNA interference v buněčné linii tabáku BY-2
Motylová, Šárka ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Kovařík, Aleš (oponent)
RNA interference (RNAi) je proces, který se u rostlin prostřednictvím malých RNA (sRNA = small RNA) významně podílí na regulaci genové exprese. Rozmanité dráhy RNAi lze rozdělit na dva základní mechanismy, a to posttranskripční a transkripční umlčování (PTGS a TGS). Vznik sRNA je vždy závislý na přítomnosti dvouvláknové molekuly RNA (dsRNA), která je štěpena některým z DCL proteinů za vzniku sRNA obvykle o délce 21 - 24 nt a jedno z vláken sRNA je následně rozpoznáno proteinem AGO. V případě PTGS interaguje komplex AGO- sRNA na základě komplementarity sekvence sRNA s cílovou RNA, kterou rozštěpí nebo zablokuje její translaci. U TGS reaguje AGO s rostlinně specifickou RNA Pol V a jejími transkripty, se kterými opět páruje vlákno sRNA nesené proteinem AGO. Tato interakce umožní sestavení komplexu proteinů, které indukují metylaci DNA a posléze i histonů, jež působí inhibičně na transkripci RNA Pol II. Způsobů, jakými může dsRNA vznikat, je celá řada. Velká část v buňce tvořených dsRNA je závislá na syntéze komplementárního vlákna do podoby dsRNA prostřednictvím RDR6 (RNA dependentní RNA polymeráza 6), která je zapojena i do procesu vzniku sekundárních sRNA. Význam RDR6 při PTGS byl zkoumán pomocí reportérového genu pro GFP, a to při samovolném umlčování a při umlčování vyvolaném třemi odlišnými...
|
host ::
RSS.